El municipio de Villagrán, fue fundado en 1721, bajo el nombre de “Comunidad del Aguaje, posteriormente, en el año de 1910, este fue cambiado al nombre de Villa de Encarnación Ortiz, pero fue hasta el año 1930, que luego de ser elevado a la categoría de municipio y renombrado Villagrán, en honor al insurgente Julián Villagrán.
Ubicado ensobre la carretera panamericana México 45, el estado de Guanajuato, en la región sur de la entidad, este municipio colinda con tres corrientes hídricas; el arroyo del cuervo al norte, el rio laja y el arroyo del pintor, ya entre los limites con el municipio de Cortazar.
El primer nombre que dio vida al ahora municipio, surgió por la existencia de un abrevadero donde transitaban los arrieros para llegar a sus destinos, por lo que, entre los pobladores, fue denominado como el aguaje. Este cuerpo de agua que se menciona, en la actualidad, ya ha desaparecido.
Las principales actividades, dominaban entre la agricultura, la ganadería y la introducción del sistema ferroviario durante el siglo V en la etapa porfirista y la revolución de 1910. Es en 1884, cuando es inaugurado el antiguo ferrocarril central que pasaría por Villagrán actualmente llamado “México Ciudad Juárez”.
La tabla de ferrocarriles nacionales que pasan por el municipio, señala que diariamente pasan tres rutas diferentes por las vías del municipio: a las 2:00 am pasa un ferrocarril de pasajeros diario rumbo a cd Juárez, a las 10:30 con rumbo de Irapuato a Escobedo y a las 12:42 un ferrocarril con dirección de México a Uruapan. Normalmente, los vagones de la maquina de vapor son utilizados para el traslado de semillas, autopartes, combustibles y material de construcción.
La estación Guaje, se edificó sobre la línea de México al paso del norte, la cual fue construida el 08 de septiembre de 1880, la cual comprendía la construcción y paso por México a León, Querétaro, Celaya, Salamanca, Guanajuato, Irapuato y Silao; de León a paso del Norte ligado Aguascalientes, Zacatecas y Chihuahua.
En la actualidad, por las vías de este importante segmento del corredor industrial, corre uno de los más intrigantes convoys de la historia: La Bestia, parte de la importante red de trenes que además de ser el canal para hacer llegar los materiales de la industria, también es usado como un medio de transporte por migrantes, principalmente, salvadoreños, hondureños y guatemaltecos que buscan llegar a Estados Unidos.
Y es el municipio de Villagra, uno de los grandes puntos, donde los migrantes, a veces deciden bajar, para descansar, tratar de buscar algo de comida o hasta algún empleo que pueda motivarlos en su viaje, aunque también ha sido uno de los puntos mas visibilizados por los múltiples accidentes, que este viaje, extremadamente peligroso implica.
El también llamado Tren de la muerte, ha cobrado la vida de decenas de personas dentro del municipio; personas que son arrolladas, que han intentado ganarle el paso al tren y vehículos que son embestidos, aunque, la llamada bestia, también ha sido minimizada por los mismos habitantes, al ser robada y saqueada por los materiales que transporta.
Son las vías del tren, parte de la vista, la historia, la vida y la economía del municipio, pues incluso, forma parte del paisaje de los habitantes, pues muchos aun viven frente a las vías de este y algunos mas, comienzan su día al escuchar el primer silbido, esta maquina, sin duda, para los villagranenses, forma parte de su identidad.